Estas son la desventajas de los Sistemas Operativos gratuitos:

*El hardware  debe ser de calidad y estándares abiertos

*Carece de una estructura ampliada 

*Algunas aplicaciones específicas no están en el mercado

*Requiere profesionales debidamente calificados para la administración del sistema 

*Dificultad en el intercambio de archivos

*Algunas aplicaciones  pueden llegar a ser algo complicadas de instalar.

*Inexistencia de garantía por parte del autor 

*Interfaces gráficas  menos amigables

*Poca estabilidad y flexibilidad en el campo de multimedia y juegos 

*Menor compatibilidad con el hardware